Cristianización de la Mezquita
La majestuosidad del templo islámico permitió que los conquistadores cristianos, tras la reconquista de la ciudad, valoraran las excelencias de esta arquitectura, a pesar de ser contraria a las edificaciones canónicas cristianas (no acomodándose al culto católico), posibilitando su continuidad.
Poco después de la conquista, el 12 de agosto de 1238, comienzan las operaciones de la institución capitular, en la cual el papa Gregorio IX, da derecho de presentación para la colación de cuatro prebendas en la Mezquita. Un año después, en noviembre de 1238, el Cabildo Catedralicio aparece perfectamente constituido, aunque no esté precisado aún el número de los Capitulares. Inocencio IV el 17 de mayo de 1247, fija en veinte el número de canónigos, perviviendo hasta nuestros días. El día 1 de abril de 1249 se establece por parte del Obispado y del Cabildo, la exclusiva titularidad del Cabildo sobre la Mezquita.
De esta forma, durante toda la Baja Edad Media prevaleció ya convertida en Catedral, adaptándose el culto y la liturgia cristiana a la espacialidad islámica con algunos acomodos. En primer lugar, la Capilla Mayor fue situada bajo uno de los lucernarios de Alhakén II, en el ámbito rico de la Mezquita del s. X., pero sin provocar destrucciones arquitectónicas; asimismo, la magnificencia del edificio determinó que el ámbito de mayor esplendor, la Macsura y el Hihrab, no fueran tocados ni destruidos, quedando indeleble su construcción. Sin embargo, con el paso de los siglos la Catedral precisaba mayores acomodos y una mayor dignificación en la Capilla Mayor, realizándose a finales del siglo XV (1489) una Catedral cristiana donde estaba la antigua capilla del siglo XIII.
Esta nueva Catedral (dentro de la Mezquita) será promovida por el obispo Íñigo Manrique (1486-1496), quien promueve la construcción de una nave con formulación arquitectónica Gótica y algunas modificaciones en los accesos, que también prosiguieron los prelados siguientes: Juan Rodríguez Fonseca (1499-1505), Juan Daza (1505-1510) y Martín (1510-1516). Sin embargo, la mayor quiebra del edificio islámico se va a producir a lo largo del s. XVI, pues en medio de la Mezquita se levantará una gran Catedral cristiana bajo los auspicios artísticos y arquitectónicos de los aires renacentistas; la gran Catedral ya supuso una ruptura grave para los postulados espaciales islámicos. No en vano la propuesta fue polémica y estuvo sujeta a duros enfrentamientos entre diferentes próceres (a favor y en contra).
El propio Concejo de la ciudad promulgó una circular impidiendo la participación en la nueva obra, estableciendo incluso pena de muerte a quien trabajara. Finalmente intercedió el emperador Carlos V para que se realizara la obra, aunque más tarde se lamentara -como recogió J. B. Alderete- de haber destruido lo singular de la Mezquita para levantar una de tantas catedrales, tal como había en España.
La obra se comenzó el 14 de julio de 1523 por iniciativa del obispo Alonso Manrique (1518-1523), hijo del gran comendador de la Orden de Santiago, que supo atraer hacia Córdoba los principios planimétricos de las catedrales castellanas, pues había sido obispo de Badajoz y Salamanca. La Nueva Catedral de Córdoba estuvo al cargo del arquitecto Hernán Ruiz I, que aunque desarrolla sus primeras actuaciones bajo postulados góticos con ciertos arcaísmos, también es verdad que sentencia ya claramente los postulados del Renacimiento.
La formulación clasicista la sentenciará en la Nueva Catedral su hijo Hernán Ruiz II, el gran arquitecto de la saga de los Ruiz, que hará evolucionar el estilo y es el artífice de las mayores magnificencias de la nueva Catedral. También de muchas de las capillas y rejería. Después de cien años de obras la nueva Catedral será concluida con principios estéticos manieristas, como puede verse en la cúpula del crucero del maestro Juan de Ochoa, o esa formulación de bóveda de lunestos del Coro que sentencia los prolegómenos del arte barroco, donde los criterios estéticos ya van claramente por otros derroteros a los del Renacimiento (yeserías, luces y sombras, escenografías, etc.).
Tras esta gran reforma del siglo XVI, la Mezquita solamente recibirá aditamentos menores y complementos de liturgia. En el año 1748 Duque Cornejo trabaja en Córdoba en los púlpitos y en la sillería del coro de la catedral. Tallado en caoba, armonizan en ella líneas curvas, contrastados ingleteados y movidos relieves. Son 105 sillas entre las bajas y las altas. Puede decirse, a pesar de los avatares de la Historia, que la Mezquita pervive en su esencia islámica, con la singularidad de los elementos básicos. No obstante, más allá de la obcecación decimonónica por enaltecer lo islámico a ultranza, hay que reconocer que ya se trata de un híbrido arquitectónico magnífico que sintetiza a la perfección una buena parte de los valores artísticos de Oriente y Occidente. Es decir, la Mezquita-Catedral es hoy una extraordinaria síntesis de nuestra historia.