A comienzos del siglo XVI, cuando los cristianos "nuevos" cordobeses intentaban integrarse con los cristianos "viejos" y la Santa Inquisición de la mano de Diego Rodriguez Lucero hizo el más sanguinario auto de fe que se había hecho en toda España, matando a más de 200 personas, provocando una gran revuelta en la ciudad llegando los cordobeses a asaltar la prisión del Santo Oficio... Córdoba vivía ya no la búsqueda de la fe sino la apariencia de la, supuesta fe, encontrada.
Todavía era a mediados del siglo XVI cuando Córdoba seguía siendo una de las ciudades más importantes del Reino de Castilla y Felipe II ordenaba la celebración de las cortes del Reino de España en esta ciudad y desde aquí dirigía a sus tropas contra la rebelión de las Alpujarras.
Con todos estos antecedentes del pasado es cuando aparece la Leyenda del Arcángel de San Rafael y de como salvó a la ciudad de una muerte segura.
